13 yaşın üzerindeki herkesi öldüren gizemli bir virüsün ortaya çıkmasıyla insanlık, hayatta kalanları koruma vaadiyle, kanlarının bağışlanması karşılığında topluma boyun eğdirmek için ortaya çıkan, daha önce gizlenmiş, güce aç vampirlerin kölesi haline gelir. Hayatta kalanlar arasında bir yetimhaneden esir alınan Yuuichirou ve Mikaela Hyakuya ile aile olarak gördükleri diğer çocuklar da var. Vampirlerin zalim hükümdarlığı altında hayvan muamelesi görmekten hoşnut olmayan Mikaela, sonunda başarısızlığa mahkum olan asi bir kaçış planı yapar. Diğer taraftan hayatta kalan tek kişi, Japonya'daki vampirleri yok etmeye adanmış bir askeri birlik olan Moon Demon Company tarafından bulunan Yuuichirou'dur. Yıllar sonra, artık Japon İmparatorluk Şeytan Ordusu'nun bir üyesi olan Yuuichirou, ailesini katleden yaratıklardan intikam almaya kararlıdır, ama ne pahasına olursa olsun? Owari no Seraph, görünüşte imkansız zorluklara rağmen dostluk ve sadakat için mücadele eden genç bir adamın intikam arayışını konu alan, kıyamet sonrası, doğaüstü bir shounen animesidir.