Tanıdık ama farklı bir evrende, utangaç kitap kurdu ve oyuncu Yuki Nagato, Kuzey Lisesi Edebiyat Kulübü'nün başkanıdır. Arkadaşları, aşırı ihtiyatlı Ryouko Asakura ve tamamen sıradan Kyon, kulübün diğer üyeleridir. Yine de Yuki onlarla paylaştığı huzur ve sessizliğin tadını çıkarmaktadır, özellikle de aşık olduğu Kyon'la birlikteyken. Bu karışıma, Edebiyat Kulübü'ne sık sık uğrayan, zıt kişiliklere sahip iki arkadaş Tsuruya ve Mikuru Asahina da eklenir. Soğuk bir Aralık gününde evine dönerken Yuki, Noel Baba'yı yakalamaya çalıştığı iddia edilen bir kız tarafından yere garip semboller çizmeye zorlanır. Kız kendisini uzaylıların, zaman yolcularının ve espirilerin peşinde olan prestijli Kouyouen Akademisi'nin eksantrik öğrencisi Haruhi Suzumiya olarak tanıtır. Haruhi ve arkadaşı Itsuki Koizumi kulüp odasında aniden ortaya çıktıklarında, kendilerini Edebiyat Kulübü'nün resmi üyeleri olarak ilan ederler ve Haruhi yönetici başkan olarak ikamet eder. Edebiyat Kulübü'nün sakin günleri artık geride kalırken, Yuki ve arkadaşları Haruhi'nin liderliğinde bir dizi talihsizliğin içine düşerler ve her olay Yuki ve Kyon'u daha önce hiç olmadığı kadar yakınlaştırır.