Margerette Barton lüks yaşamları ile meşhur olan aristokrat bir ailenin kızıdır, tek dostu ve aynı zamanda hizmetçisi olan Elenor ile Avrupa’da rahatlık içinde yaşamını sürdürmektedir. Ancak Margerette Barton yaşadığı esrarengiz bir kaza yüzünden hafızasını kaybetmiştir. Madlax ise, yoğun bir iç savaşın külleri üzerine kurulu olan basit ve fakir bir Asya ülkesinde yaptığı özel görevler sayesinde yaşayan bir ajandır. Doğaüstü bir gücün peşinde koşan ve bu güç sayesinde dünyayı bir kaosa sürüklemek isteyen gizli ve eski bir düşman (Friday Monday) sayesinde bu iki kızın yolları kesişecektir. Bunun sonucunda geçmişte yaşanan olaylar yeniden canlanacak ve gerçekte olması gerekenler yaşanacaktır.