Son üç yıldır Teikou Ortaokulu, efsanevi kadrosuyla Japonya'nın ortaokul basketbol sahnesine hükmetmiştir: "Mucizeler Nesli." Bu kadro, sporda üstün yeteneklere sahip beş dâhiden oluşmaktaydı; ancak gölgelerde kalan gizemli bir “Altıncı Oyuncu” da takımın bu ünü kazanmasında büyük rol oynamıştır. Zamanla bu olağanüstü yetenekler, sevdikleri spordan uzaklaşmış ve lise hayatlarında farklı yollara gitmişlerdir. Yeni üyeler arayan Seirin Lisesi basketbol takımı, birbirinden oldukça farklı iki birinci sınıf öğrencisini kadrosuna katar: Taiga Kagami ve Tetsuya Kuroko. Amerika’dan yeni dönen Kagami, doğal yetenekleri ve basketbola olan büyük tutkusu ile dikkat çeker. Öte yandan, Kuroko neredeyse görünmez bir kişiliğe sahiptir ve gözle görülür bir atletik beceri sergilemez. Ancak kısa sürede onun aslında Teikou’nun efsanevi "Hayalet Altıncı Oyuncusu" olduğu ortaya çıkar—bir zamanlar Mucizeler Nesli’nin parçası olan gizli silah. Kuroko, Seirin takımına kendi tarzında güçlü olduğunu kanıtlamak istemektedir. Onun bu kararlılığını gören Kagami, onunla güçlü bir ikili oluşturur; Kuroko ise Kagami’nin "ışığı"nı destekleyen "gölgesi" olacağına söz verir. Yeni Seirin takım arkadaşlarıyla birlikte hedefleri, yaklaşan Interhigh şampiyonluğunu kazanmaktır. Ancak Kuroko’nun eski takım arkadaşlarının tekrar sahneye çıkması, bu yolda işleri daha da karmaşık hale getirir.