Ryuuko Matoi, babasının öldürülmesinin ardından katilini aramak için ülkeyi dolaşıyor. Tek ipucunun (icadı Makas Bıçağı'nın eksik yarısı) peşinden giderek, başka hiçbir şeye benzemeyen prestijli Honnouji Akademisi'ne varır. Akademi, güçlü astları Elit Dörtlü ile birlikte heybetli ve soğuk kalpli öğrenci konseyi başkanı Satsuki Kiryuuin tarafından yönetiliyor. Okulun acımasız rekabet hiyerarşisinde Satsuki, en üst düzeydekilere, kullanıcıya benzersiz insanüstü yetenekler kazandıran "Goku Üniformaları" adı verilen özel kıyafetler bahşeder. Üniformalı öğrencilerden birine karşı verdiği mücadelede iyice dövülen Ryuuko, yerle bir edilmiş evine çekilir ve burada nadir ve duyarlı bir "Kamui" veya Tanrı Elbisesi olan Senketsu ile karşılaşır. Ryuuko'nun kanıyla temasa geçen Senketsu uyanır, ona tutunur ve ona muazzam bir güç sağlar. Artık Senketsu ve Makas Bıçağı ile silahlanan Ryuuko, Satsuki'ye ulaşıp babasının cinayetinin ardındaki suçluyu kesin olarak ortaya çıkarmayı umarak Elit Dörtlü'ye karşı çıkıyor.