1937 Yılında 2. Dünya Savaşı'nın başlarında yer alan hikaye "D Ajanlık" adında gizemli bir casusluk eğitim organizasyonunu konu alıyor. Bu organizasyon Japonya imparatorluk ordusundan Teğmen Colonel Yuuki tarafından kurulur. İdealleri onu bir yandan ordu akademisi mezunları ve personelini toplarken diğer yandan manipülasyon sanatında yetenekli ajanlar olmaları için eğitmeye yönlendirir. Bu ajanlar operasyonları idare edecek uzman ekip haline gelecektir. Jirou Gamou adı altında olan değer yargılarından yoksun ajanımız, kendi mevkilerinden olan ve olmayan güçlerle çatışkırken, "Kara Not" adı verilen gizli belgeleri ortaya çıkarmak için rahatsız edici bir göreve gider.