The Fruit of Grisaia'dan bir kaç yıl sonrasını konu alıyor. Bir zamanlar genç kızlar için bir sığınak olan “Mihama Akademisi” artık ulusal savunma için yetenek geliştirmeye adanmış bir SORD (Special Organization for Research & Development) eğitim okuluna dönüştürülmüştür. Rena ve Maki ateşli silahlar konusunda uzmanlaşırken, Tohka ve Gumi keskin nişancılıkta, Chris patlayıcılar ve veri işlemede, Murasaki ise istihbarat operasyonlarında yetenekli bir ninjadır. Birlikte, polis veya Öz Savunma Güçleri için çok karmaşık davaları üstlenirler ve sürekli olarak tehlikeli görevlerle karşı karşıya kalırlar. Bu, kan ve barutla boyanmış bu genç kızların hikayesidir.