Itsuka Shido liseli bir erkek öğrencidir. Bahar tatilinin son gününde şehiri harabeye çeviren bir patlama olur ve sonrasında Shido'nun önünde zırhlı bir kız belirir. Shido'nun üvey kız kardeşi Kotori; bu kızın "Special Disasterous Designated Creature: Spirit " adıyla çağırıldığını söyler uzay zaman sarsıntılarına neden olmaktadır.Kotori anti-ruh örgütüne bağlı bir kumandandır ve görevi Shido'nun bu ruh kızla çıkmasını sağlamak üzere emir almıştır. Kotori Shido'ya sadece şunları söyler "Sana ruhu yenmeni söylemiyoruz, sadece bırakta o sana aşık olsun ve dünyayı kurtarabilelim."