Yıl 2015, dünya büyük bir nükleer felaketten sonra toparlanmaya çalışmakta. Fakat Birleşmiş Milletler'e bağlı gizli ve özel bir organizasyon olan NERV'ün başka hedefleri var. Kadim metinlerde anlatılmış olan 'Angel'ların dünyaya gelişine hazırlanıyorlar. NERV'ün başkanı Gendo Ikari, yıllardır ayrı yaşadığı 14 yaşındaki oğlu Shinji'yi aniden Tokyo-3 şehrine çağırır. Niye çağırıldığını anlayamayan Shinji, Tokyo-3'e gelir gelmez şehre saldırmakta olan devasa bir Angel ve ardından NERV'in merkez üssünde babası ile karşılaşır.
Shinji daha bunların şokunu üstünden atamadan, Gendo Ikari oğluna, Shinji'in hayatında ilk kez gördüğü dev ve korkutucu bir mecha'ya girip üsse saldıran Angel'la savaşmasını emreder. Shinji başta reddetse bile, bunu yapmaya zorunlu kalacak ve hayatı asla eskisi gibi olmayacaktır...
Gelecekte insanlar, yeraltına kurdukları köylerde yaşamaktadırlar. Yeryüzünden kendilerini izole eden bu insanlar, sık sık gerçekleşen depremler yüzünden sürekli daha derine inmişlerdir. Yeraltındaki köylerden biri olan Jeeha'da yaşayan ve ailesini yıllar önce bir depremde kaybeden Simon, köydeki en iyi kazıyıcılardan biridir. Simon, birgün kazısı esnasında garip bir alet bulur, bunun üzerine "Gurren Brigade"in lideri olan Kamina, Simon'u çetesinin bir üyesi yapar. Kamina, yaşadığı deliğin üstünde bir hayat olduğunu düşünmekte ve bu delikten kaçmayı düşlemektedir. Ancak Simon ve Kamina'nın kaçma teşebbüsleri hep başarısızlıkla sonuçlanmıştır. Yine başarısızlıkla sonuçlanan bir kaçma teşebbüsünün ardından Kamina hapse, Simon ise kazma işine gönderilir. Ancak bu kazıyı diğerlerinden farklı yapan Simon'un keşfidir. Ancak bu sırada gerçekleşen depremle, yeryüzünden Simon'un köyüne bir robot ve genç bir kız düşer. Yoko adındaki bu kıza robotla dövüşünde Kamina yardım eder ancak pek etkili olamazlar. Simon, Yoko ve Kamina'yı bulduğu şeye götürür. Bu, vücudunda yüz olan küçük bir robottur. Simon'un Lagaan adını verdiği bu robotun yardımı sayesinde yeryüzüne çıkan kahramanlarımızı daha fazla dev robot, macera ve bilinmeyen bir dünya beklemektedir.
