Uzak bir gelecekte dünya mahvolmuş, insanlık hareketli kale şehir Plantation’u kurmuştur. Plantation’da Pilot olmak üzere yaratılmış çocuklar aynı zamanda kuş kafesi olarak bilinen Mistillteinn’da yaşamaktadırlar. Burada gökyüzündeki özgürlük ya da dış dünya hakkında hiçbir şey bilmeden hayatlarını sürdüren ve Franxx adı verilen robotların pilotluğunu yapan çocukların tek görevi Kyouryuu adı verilen devasa yaşam formlarıyla savaşmaktır. Bu çocuklar için Franxx’ler hayatlarının anlamıdır. Bir zamanlar dahi olarak bilinen Code:016 kod isimli Hiro, görevini yerine getiremeyip başarısız olduğunda varlığı anlamını yitirmiştir. Günün birinde Zero Two ismiyle kendini tanıtan ve başının iki yanında boynuzları bulunan gizemli bir kızla tanışır.
Tower of God hayatının büyük kısmını büyük ve gizemli kalenin altında geçirmiş, yalnız yakın arkadaşı Rachel ile birlikte olan 25. Bam isimli çocuğu konu alıyor. Rachel kaleye girdiğinde Bam da kapıyı açmayı başarıyor ve en yakın arkadaşını bulmaya çalışırken bu kalenin her katında zorluklarla yüzleşiyor.
