Nico Wakatsuki altı yıllık cadı eğitimini tamamlamıştır ve kasabaya tek başına geri dönmektedir. Yeni bir cadı olarak, kendisine eşlik edecek bir tanıdık seçmesi gerekmektedir. Ancak, diğer cadıların aksine, hayvan olmayan bir tanıdık seçmek istemektedir. Bir ogre olan çocukluk arkadaşı Morihito “Moi” Otogi'den daha iyi bir yol arkadaşı yoktur. Morihito onun hizmetkârı olmaya şiddetle karşı çıkar, ancak bir cadının emrine itaatsizlik etmesi durumunda bir lanetin onu garip bir inek-kaplan melezine dönüştüreceğini öğrendikten sonra kaderini gönülsüzce kabul eder.
Morihito'nun babasının bir iş gezisi için ayrılması ve Nico'nun annesinin Cadıların Kutsal Toprakları'nda kalması nedeniyle, iki genç kendilerini aynı çatı altında birlikte yaşarken bulur. Nico aşık olduğu kızla birlikte yaşamaktan çok mutlu olsa da, Morihito onun sihirli maskaralıklarının ve genel sakarlığının çözümden çok sorun yarattığını fark eder. Bir yıl içinde Nico'nun başına geleceği kehanet edilen bir felaketle Morihito, bir yandan Nico'nun koruması olarak onu korumak için elinden geleni yaparken bir yandan da Nico'nun aşinası olarak görevlerini yerine getirmek zorundadır.
Kötü bir şekilde reddedilen Momose Ayase, zorbalığa uğrayan bir çocukla karşılaşır. Bu çocuk uzaylı takıntılıdır. Çocuk onunla uzaylılar hakkında konuşmaya çalışır. Uzaylıların yok olduğunu söyleyen Ayase de aslında hayaletlere inandığını söyler ve aralarında hangisinin gerçek olduğuna dair tartışma çıkar. Kimin haklı olduğunu öğrenmek adına birbirlerinin doğaüstü yerlerini ziyaret etmeye karar verirler. Ayase uzaylıların mekanına, uzaylılara takıntılı çocuk Ken Takakura ise hayaletli tünele gider. Ortaya çıkar ki ikisi de gerçekmiş. Bulaştıkları doğaüstü olaylardan kurtulup normal hayatlarına dönmeye çalışan gençleri anlatan bir hikâye.
Tono Takaki ilkokul arkadaşı Shinohara Akari ile büyük bir arkadaşlık yaşamaktadır. Fakat Akari başka biryere taşınmak zorunda kalır ve buna rağmen bağlarını koparmazlar. Birbirlerine sık sık mektup yazarlar. Ama uzun süre birbirlerini görememişlerdir. Akari, Takaki'ye birgün buluşup beraber kiraz ağaçlarının yapraklarına seyredeceğine söz vermiştir. Takaki onu görmek için sabırsızlıkla bekliyordur.
Shohoku'nun "hız oyuncusu" ve oyun kurucu Ryouta Miyagi, her zaman zekasıyla ve ışık hızıyla oynuyor, sakinmiş gibi yaparak rakiplerinin etrafında daireler çiziyor. Okinawa'da doğup büyüyen Ryouta'nın kendisinden üç yaş büyük bir erkek kardeşi vardı. Küçük yaşlardan beri ünlü bir yerel oyuncu olan ağabeyinin izinden giden Ryouta, basketbol bağımlısı da oldu.
Ryouta, lisenin ikinci yılında Shohoku Lisesi basketbol takımıyla birlikte Sakuragi, Rukawa, Akagi ve Mitsui ile birlikte Liseler Arası Ulusal Şampiyonası'nda sahneye çıkıyor. Ve şimdi, son şampiyon Sannoh Kogyo Lisesi'ne meydan okumanın eşiğindeler.
Yıl 2015, dünya büyük bir nükleer felaketten sonra toparlanmaya çalışmakta. Fakat Birleşmiş Milletler'e bağlı gizli ve özel bir organizasyon olan NERV'ün başka hedefleri var. Kadim metinlerde anlatılmış olan 'Angel'ların dünyaya gelişine hazırlanıyorlar. NERV'ün başkanı Gendo Ikari, yıllardır ayrı yaşadığı 14 yaşındaki oğlu Shinji'yi aniden Tokyo-3 şehrine çağırır. Niye çağırıldığını anlayamayan Shinji, Tokyo-3'e gelir gelmez şehre saldırmakta olan devasa bir Angel ve ardından NERV'in merkez üssünde babası ile karşılaşır.
Shinji daha bunların şokunu üstünden atamadan, Gendo Ikari oğluna, Shinji'in hayatında ilk kez gördüğü dev ve korkutucu bir mecha'ya girip üsse saldıran Angel'la savaşmasını emreder. Shinji başta reddetse bile, bunu yapmaya zorunlu kalacak ve hayatı asla eskisi gibi olmayacaktır...
